花梨(川上友子 配音)本来只是一个平凡的女高中生,某日,她意外的在盛夏时节看到了红透了的枫叶,之后,便莫名其妙的被召唤至异世界之中。在这里,她成为了唯一能够拯救日渐遭到怨灵侵蚀的京都的龙神神子。
与此同时,来自国外的红发学生明日香(宫村洋子配音)和玲博丽(林惠美配音)一分为二,以姐妹身份出现,给Ikari真嗣的学校生活带来了巨大的变化。此外,原作中高大帅气的原型也将以娇小可爱的形象作为学院的一部分出现在动画中。该动画以《新世界福音战士》中的人物为原型,取代了原作沉重严肃的氛围,描绘了轻松愉快的校园生活。制作团队首次采用3D Q版设计,搭配逼真的背景和2D拼接,创造出多样化的绘画风格。
另一方面,伊索贝试图切断与爱上他的科梅的关系。他开始为一个因欺凌而自杀的哥哥赎罪。