茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀,而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家,上条如往日一般去学校学习,但放学回家,却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中,上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。質樸溫和的小鎮景色、異地情緣;喝了一半的酒,没說完的話,没能再見的人;兩段故事以不同的人物、景色交織幻化成一段美麗記憶;本片宛如奈良版《愛在黎明破曉時》。