“新生篇章”的内容延续自第24集的内容：在第17使徒被消灭后，SEELE向NERV发出命令，要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而，秀吉并不同意SEELE的做法，并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为，并决定彻底消灭NERV。黎明时分，NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击，他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机，葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机，并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上，Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
拥有各种属性的“国王”现在肩负着作为“绿色之王”牧首礼的众多重任，牧首礼领导着绿色之王的“权杖4”家族。由“黄金之王”国昌路大觉管理的御柱塔，以及“国王”的神秘遗迹德累斯顿石碑，现在由宗乡礼仪司管辖。此外，再加上之前的“红王”周方尊被杀所带来的“杀王”负担。另一方面，红王“吠陀那”部落的成员安娜在经历了绿王“丛林”部落对帝国塔发动的袭击后，以新“红王”的身份觉醒，并再次与“吠陀娜”的同伴建立了牢固的联系。此外，银族成员奈子和夜刃神朗坚信“银王”伊佐纳社还活着，并在寻找他的下落。但他们并不是唯一一个寻找“白银之王”的人。“绿王”寻找的不仅仅是水——以活跃的“丛林”为契机，“国王”的命运再次重合。
超级盗贼集团the Works的老板托马斯·道森（尼克·泰特饰演）即将退休。在一次挑选继承人的晚宴上，一伙身份不明的暴徒突然闯入并杀害了他们。
