2013年,一名来台湾学习旅行的女高中生肖兴喜被一种名为“进化入侵者”的突然怪物袭击。当军队完全无用时,神秘人作为超国家机构“DOGOO”的代理人出现在他们面前,继承了“伟大的灵魂”,并利用这一权力与“E基因持有者”作战。在这个世界上,存在着一种名为“怪灵”的生物。故事发生在弗塞亚学院之中,在那里,设立了名为“脑机能异常对策室”的机构,专门解决怪灵带来的危险和麻烦。