《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
这部电影分为四个故事:“黑头发”:住在京都的武士(三口龙太郎饰演)厌倦了贫穷的生活。他抛弃了妻子(新条敏吉饰演),娶了一位贵妇(渡边佐佐子饰演)。然而,现任妻子的冷漠让这位武士怀念前妻温柔贤惠的本性。
国家的实际控制人大臣只用一只手遮天,这是帝都衰败的根本原因。在经历了一系列曲折之后,塔兹米被他的前骗子Rionet(浅川义雄配音)强行招募到一个名为Night Raid的神秘组织。夜袭是一个暗杀组织,旨在恐吓拥有帝国首都的富有大亨。他们是革命军下属的一支秘密特种部队,最终目的是推翻大臣的统治。在Najeta(水野里也配音)的领导下,秋本(田由弥配音)和Rayonna等无与伦比的专家聚集在他手下。塔兹米的命运发生了转折,随后的两三次更大的纠纷将他带到了未知的一边。。。这部电影改编自Tazmi(原作)和Tetsuya Tian(原作)的漫画。