故事发生在位于东京中北部的大岛镇。一个名叫Issey(由Ayama Sasakura配音)的14岁普通女孩和她的妹妹Iseta(由Akira Otsui配音)与年迈的祖父过着相互依赖的生活。尽管生活简单而艰难,但这个家庭最终充满了幸福。
在复兴的同时,为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有,地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后,大和所达成的真正的和平吗? 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿,将大和邀往新的航海。 如今,席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁,正在逼近地球——。
故事围绕着五位少年的校园生活展开,双胞胎兄弟浅羽悠太和佑希,和他们的青梅竹马——冢原要和松冈春,以及转校生橘千鹤。一个个清新淡雅的画面,描绘了五位少年一段段幽默温馨的青春故事。 在漫天樱花飞舞中,穗稀高中的学生迎来了开学典礼。