值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
故事发生在一个虚拟的幻想世界里。在这里，对应的两个人手牵着手，创造了一种叫做“宁露”的精神联系，这种联系可以成为一种强大的武器。在传说中，有一个上帝控制着这个世界上的一切。只要上帝被击败，心中最强烈的愿望就能实现。
就这样，他们两人相互配合，深闺中不谙世故的秀子和她的财富也就简单地放在了他们的口袋里。在南树希的眼中，秀子天真而脆弱，善良但敏感。随着时间的推移，他们两人之间发展出了真诚的友谊，公爵虚伪贪婪的面具逐渐让南树希感到恶心。然而，面对高昂的报酬，南树希选择了背叛。在她的劝说下，秀子与公爵私奔，并举行了婚礼。就在这时，发生了一件南淑熙绝对想不到的突发事件。
