845年，一个高达60米的超级巨人和装甲巨人出现了，摧毁了玛丽亚最外面的墙壁，唤醒了人类似乎永远不会醒来的漫长梦想。在这起事件中，不愿蜷缩在墙内的年轻人Alan Yeager（由Kaji Yuki配音）亲眼目睹了母亲被谋杀的经过，这坚定了他加入调查小组的决心。之后，艾伦与青梅竹马的恋人桑里·阿克曼（石川裕一配音）和朋友阿尔曼·阿鲁莱特（玛丽娜·井上配音）一起加入了第104训练团，发誓要成为一名能够消灭所有巨人的勇敢战士。在经历了一个世纪的和平之后，人类和巨人之间的战争再次开始。。。这部电影改编自尖山创作的同名原作。
那里，是威胁和平的人类之敌“恶魔党”大施淫威，与之对抗的Gatchaman率领的“科学忍者队”不停战斗的世界。 但，在对于这个世界的样子感到违和感的他们面前，一个男人的身影出现了。那是科学忍者队的创设者南部博士。对本应相识的健露出诡异表情的南部，向英雄们说出了意想不到的话语。“看来你们似乎是我的敌人”……。 此外，还有一个一直在楼顶窥视他们的身影。那是曾和健一同并肩对抗恶魔党的，科学忍者队No.2。 其名为“神鹰乔”。 四大英雄的全新激斗，将在银幕上拉开帷幕！
可当她们两人遇到这个“红色衣服，金色头发，耳边还有耳环”的法修史坦毕特之后，根本无法想象他就是“传说中使一 个城市一夜间完全毁灭的危险人物，最危险的通缉犯”。这个整天叫着“LOVE＆PEACE”，爱甜甜圈如命的温柔男人怎么可能就是罪大恶极的法修。之后的旅行中他们互相照顾，帮助和保护了不少有困难的人，共同度过了不少险情，成为了很好的朋友。一切的平和直到GUNG-HO-GUNS的出现，一切都发生了改变，法修甚至开了杀戒。这个“与以灭绝人类为己任”超级杀手集团GUNG-HO-GUNS到底和法修有什么关系？他们又将面临怎样的挑战？
