瑞月(Yumura Kiyoshi饰演)和光太郎(Kanda Masahiro饰演)是拓仁的同学和朋友。两人曾经是情侣,后来分手了,但现在拓仁仍然默默地崇拜着睿月。瑞月肩负着养家糊口的重担,这让她在找工作时特别绝望。光太郎曾是乐队的主唱,习惯了自由无忧无虑的生活,现在加入了求职团队。在巨大的压力、众多的竞争对手和稀缺的内部配额下,随着瑞月和光太郎等人相继获得配额,拓仁的内心逐渐产生了微妙的扭曲。
无奈之下,他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘(由大谷幸雄配音)。皮卡丘,也被称为电老鼠,虽然外表可爱,但性格腼腆内向,与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠,暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前,神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗?小智能如愿成为神奇宝贝大师吗?
前作から半年後を舞台に据えた完結編では、仕事に邁進して恋愛から遠ざかっていたゆうに再び恋の兆しが見え出す。なお今回は原作にはない完全オリジナルのラブストーリーとなっている。