这个故事告诉了一个名叫西田由弥的普通大学生。一天,一只会说话的蜥蜴宣布,他被选为拯救世界的骑士。正当尤里对此持怀疑态度时,他遭到了敌人的袭击,并被他本应保护的公主阿萨亚娜·玛尤救了下来。出乎意料的是,公主竟然是那个试图征服世界的恶魔国王。
命运中的相遇出现了,小圆在路边救了一只浑身是伤的奇怪动物。出乎意料的是,这种动物会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫Chubi(由加藤英美配音),并提出了一个特殊的要求,希望小圆能与它签约,成为一个神奇的女孩。魔法女孩在这个世界上是一种特殊的存在,肩负着与女巫斗争的使命。作为奖励,丘比可以实现他们的任何愿望。在战斗中,小圆发现魔法少女的职业并不像故事中描述的那样美丽,而且随时都有牺牲的可能。随着战斗的升级,关于她自己的残酷真相逐渐浮出水面。