【異形特攻學園】描述距離現今不遠的未來世界裡，到處都可以看到異星人，人們一點也不覺得稀奇，即使在小學裡…在小學裡每個人都會被分配到不同的工作，像是生活股長、衛生股長、飼育股長，當然也有叫作「異形應變小組」的工作 。
医院接诊了一位名叫阿龙（任达华饰演）的重伤患者，最终醒来的阿龙意识到自己失忆了。是一个过去一无所知的人意外地遇到了艾薇。随着时间的推移，阿龙和艾未的距离越来越近，两人的关系迅速升温，变得形影不离。然而，艾未未明白自己最终会回到香港，回到自己的位置上，深情的阿龙决定效仿。阿龙忘记了过去，但过去不愿意让他走，紧随其后的是邪恶猖獗的歹徒。
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩，而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察，没有任何动作，好像一切都已经写进了剧本。
