新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来, 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员, 与研究所员齐心协力,面对强大的敌人! 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身!SHINKALION!
虽然阿丽莎已经异形化,并且犯下了滔天的罪行,但欧菲依然相信自己能够找到让姐姐恢复原状的方法。 在旅途中,欧菲邂逅了开朗又活泼的大小姐克丽奥(大久保瑠美 配音),和非常崇拜欧菲,拜他为师的青年马吉克(小林裕介 配音),三人结伴而行,与此同时,欧菲的师父查尔德曼也集结了曾经的一群战友,决定正式启动讨伐阿丽莎的计划。