2008年に放送されたSFアニメ「マクロスF」の劇場版2部作の後編。2009年にロングランヒットを記録した前編「劇場版マクロスF イツワリノウタヒメ」に続き、新天地を目指して宇宙を旅する移民船団「マクロス・フロンティア」を舞台に、ナゾの生命体バジュラとの戦いに身を投じる少年アルトと歌姫シェリル、シェリルにあこがれる少女ランカが織りなすドラマを描く。前編と同じ、テレビ版の総監督を手がけた河森正治が監督を務める。
就这样,清麿收留了卡修,两人的同居生活正式开始。 在卡修随身携带的红书里,隐藏了卡修失忆的线索,而清麿居然轻易的就读懂了上面古怪的文字,从而展开了一段魔幻奇缘。原来,在这个世界上,存在着很多像卡修这样带着魔法书的孩子们,在他们之间,以破坏其余的魔法书为目的,持续着一场浩荡的战争。而卡修和清麿,亦被卷入了这场残酷的战争中去。