地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了,曾经,在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争,亦是因为这场战争,这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里,麦亚丽和哥哥巴尔扎(藤原龙也 配音)汇合了,让大家没有想到的是,巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中,封印被解开了,那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日,而它的真实身份,竟然是超胡巴(山寺宏一 配音)。
故事主人公银古(中野裕斗 配音)就是这样一名四处云游的虫师,这一次,他要解决的是一种叫“蚀日”的虫。 近日里,各地均发生了日蚀现象,在太阳光被遮掩的时段里,虫会躁动,因此有可能引发各种问题,有人会受虫气所害,变得畏惧日光或者失眠,有人甚至会身影消失。而最让银古担心的,是由“蚀日”引发的一种棘手的异常现象……