在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩,而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察,没有任何动作,好像一切都已经写进了剧本。
白木明香丽(由吉高由里子饰演)是一个非常外向的女孩。有一次,由于一场可怕的交通事故,明香丽失去了双亲。尽管她救了自己的命,但大部分视力都丧失了。事实上,明香丽一直生活在深深的自责中,把父母的死归咎于自己。
由于“正体不明的烟雾”而变成“无法死去”之身的小林, 期盼着自身的死,拒绝与他人的接触。 对于这样的他的存在怀有兴趣的花崎向他提出“要不要加入‘少年侦探团’?”…… 小林与花崎。他们的相遇, 终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错, 并推动两人的命运……