在《Fate/Zero》中，与征服王伊斯坎达尔一同跨越了第四次圣杯战争的少年，韦伯·维尔维特。时光流转，少年继承了君主·埃尔梅罗的称号，以君主·埃尔梅罗Ⅱ世的身份，在魔术师们的总部·时钟塔面临了各种充满神秘的事件——
由于父亲的债务蒸发，他无家可归的女儿桃园奈奈生（三森玲子配音）不得不在街上流浪。在路上，盛奈奈帮助了一名被恶狗追赶的男子。这名男子告诉盛奈奈，他的名字叫玉英（石田明配音），在得知盛奈奈的经历后，他出乎意料地提出将自己的住所交给盛奈奈。
在暑假将至的某天，胜平通过谜之少女园崎 法子的指点，获悉自己已被选为了疼痛共享的系统“羁绊者”中的一员。园崎说过：“这是一个为了将充满纷争的世界，导向和平的实验。”于是，背负着彼此疼痛的少年少女们，开始了这个夏天的故事！
