无论是外表还是个性，二之宫渚（堀北真希 饰）都属于普通的那一栏，唯一和同龄女高中生不同的地方时，她的了不治之症，只剩下三个月的寿命。得知自己年轻的生命即将走到尽头，渚并没有十分激动，她的脑海里只有一个念头，那就是去海边小镇，找自己曾经喜欢过的男生石川聪（洼冢俊介 饰）。 渚隐瞒了自己生病的事实来到了聪的身边，本以为早已淡忘的感情逐渐的在胸中复苏了。让渚感到失望的是，聪并非单身，此时的他正在和一位名叫绘里子（高冈早纪 饰）的女子交往着，而绘里子是一名有妇之夫。一次偶然中，渚与绘里子的女儿相遇了，两个孤独的灵魂相互慰藉，渚决定带着女孩离家出走。
这部作品主要讲述了一天的故事，当时流行的VRMMORPG“YGGDRASIL”应该停止所有服务，但即使在游戏结束后，玩家也不会退出游戏，NPC也有自己的想法。
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
