在一个每个角落都被探索过的世界里，唯一剩下的秘密领域是大洞穴“阿比斯”。我不知道它会在哪里继续。巨大的垂直洞穴，深而无底，栖息着奇妙而奇怪的生物，睡在今天人类无法创造的珍贵遗迹中。“阿比斯”令人难以置信的姿态吸引了人们，驱使他们开始冒险。
有一天，一直以为自己是独生子女的高中生杨太郎突然遇到了亲生母亲，后来带他去了真正的家。但当杨太朗走进他的房子时，他意识到自己还有19个姐妹。这样，新来的哥哥将与19个姐妹相处得很好
Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
