在日本广岛县尾道市海边唯一的一家电影院迎来了闭馆，在风雨交加的闭馆夜，通宵上映着日本战争电影特辑，有三位来看电影的青年被突然袭击影院的闪电所包围，时空穿越进入了电影里的世界。
某日，一群使用风遁之术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，形势危急。据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。
很久以前，在宇宙中被粉碎的恶魔碎片，如今仍然祸乱着整个宇宙。 一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。 赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。
