故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。
尽管如此，勤劳而坚韧的梅琳达在日常练习中仍然坚定不移，相信有一天她会释放出一种震撼他人的力量。库法（由小野优树配音）被送到梅莉塔身边担任她的导师。事实上，库法的真实身份是白夜骑兵队的杀手。上级命令库法接近梅琳达，一旦证实她确实无法使用自己的能力，她就会被暗杀。然而，梅琳达的乐观和坚持逐渐打动了库法。
故事告诉孙策伯父带领一群南洋大学的人前往京都进行“冀鄂之旅”，而京都一位身穿“道鄂”的全新战士正在等待他们，他继承了战国勇士的灵魂。一场以京都地区为舞台的全新战役即将开始。剧情与原版动漫没有太大关系，它类似于日本以外的一集。
