校园城市与外部隔离,研究前沿技术。所有学生都经历了超能力的发展,大多通过药物、催眠和电刺激等方法获得超能力。有各种类型的能力,按范围和力量分为无能(0级)、低能力(1级)、无能力(2级)、强能力(3级)、高能力(4级)和超能力(5级)。故事开始于学园市最强的电击公主“超级电磁炮”玉坂美琴,有一天她遇到了初春尤里,她和黑子一样担任纪律委员会成员
动画剧情舞台为2047年,与人类之敌「D2」对抗而荒废的美国。指挥家「朝雏タクト」与「Musicart」的少女「命运」,在失去音乐的世界中各自为了自身的渴望,共同出发前往纽约。