“新生篇章”的内容延续自第24集的内容:在第17使徒被消灭后,SEELE向NERV发出命令,要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而,秀吉并不同意SEELE的做法,并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为,并决定彻底消灭NERV。黎明时分,NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击,他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机,葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机,并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上,Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
原本打算分居的妻子万里子(宮本信子 饰)只得用谎言搪塞,小心侍候病重的丈夫。 第一次手术后不久,向井倒在片场,再次回到医院。他虽然保持乐观的性格,但偶然间仍得知自己的真实情况,精神备受打击。痛苦之至,向井甚至用片中女主角使用的方法自杀。徘徊在死亡边缘的他恍惚间经历一场奇异之旅,并开始对人生有所感悟……