就在涉沉浸在即将成为父亲的喜悦中之时，病魔猝不及防的袭击了他，主治医生告诉涉，他只剩下几个月的生命了，这也意味着，他将注定无法见到自己的孩子。涉将这一噩耗默默的埋在了心底，在短暂的余生里，他决定为自己的孩子做些什么。 病魔终究还是夺去了涉的生命，带给菜绪的是巨大的悲痛和自责感。时光荏苒，一晃五年过去，布梦已经成长为了一个健康的男孩。一天，一本名为《海盗卡达的大冒险》的图画书被邮递到了布梦的手中，发信人不是别人，竟是已经过世的涉。照着图画书上的线索，布梦和菜绪一路追寻，最终发现了涉遗留在人间的深厚的、真挚的爱意。
三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
