世冈学院是一所以严格的纪律而闻名全国的学校，普通高中生青间裕二（小林裕介配音）即将在这里开始新的校园生活。一场事故使杉树卷入了一个名为“SOX”的邪恶恐怖组织的阴谋。该组织的领导人Ayanami Huacheng（石川静香配音）实际上是石冈学院学生会的副会长！在这些“恐怖分子”的影响下，日治的生活会发生什么翻天覆地的变化——早期二女儿（日井里美配音）不成熟的外表和成熟的内在美，以及拥有与她可爱的外表极不相称的腹黑的鬼鼓修复（Horie Yuyi配音）？
小学六年级的Naotai和一个高中女生在一起真的很漂亮。Naotai哥哥的女朋友正在国外留学，正在河边共度时光。这本应是普通日子的延续，但最终以传说中的蜜蜂女孩静子驾驶电车与智泰相撞而告终。Naoto的头上长出了奇怪的角！而景子竟然成为了直太家族的仆人，进入了直太家。静子的秘密和她经常背诵的“FLCL”的含义给直藤的生活带来了巨大的变化。
一家日本大公司的首席执行官因突发心脏病去世。该公司唯一的合法继承人是一位名叫梅的女孩，当时她正在香港度假，对日本发生的事情一无所知。熊谷想收购公司已经很久了，这么好的机会怎么会被阿梅毁掉呢？如果阿梅没有在规定的时间内签署继承文件，她将失去继承资格。因此，熊谷派凶手到香港，千方百计阻挠阿美回国。艾米还没有意识到自己即将面临的灾难，她在香港遇到了业余歌手谭波（由谭咏麟饰演）和Looser乐队的一群成员，他们相处得非常愉快。很快，刺客抵达香港，对阿美发动了第一轮袭击。乐队的胖子向（陈百祥饰演）甚至被刺客抓住，要求他透露阿妹的下落。
