在成功封住虫洞抵御外星人入侵十年后，人类从废墟中站了起来。他们忘记了恐惧，尽情狂欢，其中包括斯特克·潘特科斯特将军的儿子杰克（约翰·博耶加饰演）。
心怀梦想的亚丽莎经过不断的修业和努力，终于得到了试镜的机会，并有可能在恩底弥翁落成的庆祝活动中演唱。这一晚，当麻、茵蒂克丝和亚丽莎在夜归途中遭到史提尔率领的魔法师们的攻击。而学园都市秩序维持部队的介入，无疑标志着魔法侧和科学侧全面战争即将爆发。亚丽莎的体内究竟隐藏着怎样的力量和秘密…… 本片根据镰池和马（创作）、灰村清孝（插画）的轻小说改编。
荣太郎是凑曾经的校友，因此十分了解凑身上所发生的那些悲惨的故事，亦十分向往能够和凑就读同一所高中。 城岛让（木村昴 配音）是水球社的社长，在他的苦心劝说之下，凑终于同意了加入水球社。曾经是游泳能手的网滨秀吾（齐藤壮马 配音）、个性十分容易冲动，大大咧咧的江尻武一（古川慎 配音）、温文尔雅性格平和的猪俣巴巴亚罗丰（畠中祐 配音），在学校里，凑很快就交上了朋友，也重新拾起了对于水球运动的热情。
