主角祥子是一名在流星学院学习的中学生。自从五年前出国留学以来,她的妹妹祥子就一直下落不明,她和祥子很亲近。一天,一个不明身份的人突然袭击了祥子。袭击她的是邪恶之神厄里斯的部下,厄里斯过去曾被女神雅典娜封印。这一集,SP,是“侦探伽利略”系列的第0章,聚焦于电视版汤川雪和内海薰相遇前三年发生的一起案件。三年前的深夜,一座小岛上的房子里发生了一起密室谋杀案。受害者在上锁的房间里被尖锐物体刺伤胸部和背部,他所在的小屋也被烧毁。