《金田易青年事件书R》第二季告诉侦探金田易庚的孙子金田易和儿时好友梅雪七色解开一个又一个谜团的故事。《神田少年事件书R》改编自天书正鲁的原作，也是漫画家佐藤的一部著名长篇推理漫画。
有一天,被囚禁在黑暗世界的由厨菜,偶然目睹征木家的圣诞节,发现天地就是树雷王子,心中计划了一个阴谋. 征木家的往常一样,生活得很平静.这天,天地去扫墓,在回家途中,突然出现了一位叫做麻由华的少女,并自称是天地的女儿,天地将她带回家后,令全家骚动起来,尤其是魉呼.鹫羽偷偷拔了麻由华一根头发,分析后确认麻由华的确是和天地有同样的遗传基因.大家又讨论起来了,谁是麻由华的母亲呢?(似乎魉呼和阿重霞很感兴趣.) 于是麻由华便在天地家住下了.慢慢的,她和沙沙美成了好朋友,并逐渐溶入了这个家.但是,由厨菜使用魔力,控制麻由华,要将天地带到黑暗世界.第一次,被魉呼中途阻止了,于是魉呼叫天地小心,并和麻由华大打出手,后来被天地制止.麻由华自己也不知道发生了什么事,沙沙美安慰她,并答应和她一起过圣诞节. 后来,由厨菜见劫不走天地,便绑架了沙沙美,要天地去黑暗世界救她.天地和魉呼只好去黑暗世界,在那里和由厨菜展开激战,麻由华被洗去记忆,要杀死天地.在黑暗世界,光是传不进去的,天地无法使用光鹰剑,就在麻由华要杀死天地的一刹那,沙沙美的叫唤,使麻由华苏醒过来,和由厨菜打了起来,由厨菜恼羞成怒,将麻由华消灭了,麻由华变成了一颗红宝石.这时,由于阿重霞的祈祷,光终于传到了黑暗世界,天地使出光鹰剑,将由厨菜打倒,由厨菜在消失前,交给天地一个盒子,是给天地爷爷的礼物.天地回去后,交给爷爷,爷爷若有所思. 正当大家为麻由华伤心的时候,鹫羽手持那粒红宝石,说可以满足大家的愿望.于是,在圣诞节时,沙沙美手中抱着一个可爱的女婴……
