当战斗进行到最激烈的时候,少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后,背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后,他成为了ZAFT的战士......
因此,他在他人面前封存了自己的超能力,以不引人注目、不与他人为伍的信条默默无闻地生活着。但由于某种原因,他总是被不可思议的人类(生物)包围,灾难的风暴接踵而至!
在一次偶然的情况下,大雄(小原乃梨子 配音)与多啦A梦(大山羡代 配音)穿过秘密通道时空圈,闯进一个森林中古代文明的国度——玛雅王国,他们遇上跟大雄长得一模一样的迪奥(绪方惠美 配音),迪奥是玛雅王国的王子。