2031年,由于作为下一代能源设备开发的“量子反应堆”的爆炸,世界发生了巨大变化。从地下传播的突然闪光吞没了城市建筑,覆盖了土地,最终,超越并融合了生物学、机械和植物的未知而独特的进化有机体“B.R.A.I”出现了。在星奏学院里,学生被分为两类,一类是就读于普通科的平凡学生,另一类是就读于音乐科的能够看见音乐精灵的演奏天才。在一次偶然中,普通科的日野香穗子(高木礼子 配音)撞见了音乐精灵莉莉(水桥香织 配音)。