1年9班消失不见,朝比奈学姐视其形同路人,甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面,而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时,只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希,一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中,阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚,握有连接两个绝然不同世界的钥匙,他面临着重大的选择……
性格冷漠、对周围事物漠不关心的六条人晴(由直宫日惠配音)看起来可能是一个普通的高中生,但她的身体里蕴藏着忍者世界中最强的秘密技巧“森罗万向”。这种能力受到了忍者界许多人的觊觎,也吸引了伊加忍者部落的集体行动,发誓要带回仁清,揭开她体内的秘密。