Yumura想恢复她的记忆，但她无法清晰地回忆起当时她在做什么。就在这时，奇怪的事情开始在他身边发生：首先，他同居的女友不见了，然后一个神秘的女人出现了。正如序言中所描述的那样，在一场交通事故中死亡的女人，在她去世的前一刻，她逐渐被印在瞳孔中的眼睛的魔力所支配
三村新之丞（木村拓哉 饰）是名平凡的下级武士，他的工作是帮藩主试毒，备好的饭菜先由试毒者吃，确认没有不良反应后才会给主人吃。就在一次试毒中，新之丞双目失明，失去眼睛无异于废人，他的命运急转而下，幸而美貌贤惠的妻子加世（檀丽 饰）帮助下，他才重新面对生活。 但三村一家由此失去 了生活来源，在亲友建议下，为了维持生计，加世拜托上级武士岛田藤弥（坂东三津五郎 饰）向藩主求情，希望能保住一半薪俸。可岛田以新之丞的薪俸为要挟，强迫加世委身于他。新之丞得知后，无法接受事实，休掉了妻子并决定和岛田决一死战，挽回比生命更加宝贵的武士尊严。
值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
