本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助,向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸,并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下,地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
电影告诉了秋天之后的故事,延续了原漫画第7集的情节。除了小野寺淳的妹妹小野寺纯、小野寺春的朋友Koki和从美国飞来的Paula Marcoi之外,千寻的母亲Tozaki Hua等其他与众不同的新角色也将陆续出现。