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故事内容延续第一部TV版攻壳机动队STAND ALONE COMPLEX的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。 这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。

位于日本新泻县高千叶市的克尔白町每年都会举行激动人心的烟花汇演。无论是老年人，还是躁动不安、热情高涨的年轻人，他们都踊跃参与其中。此外，它还吸引了来自全国各地的游客前来观看。然而，不同的青春故事在这里慢慢展开。

弗利萨的落败，引起了他的哥哥克维拉（中尾隆圣 配音）的注意。这个比弟弟更为邪恶且蕴藏着更大野心的恶棍，率领手下逼近地球。那美克星的恩怨仍在延续，战火烧到了地球。 为了保护故乡和亲友，Z战士们再次集结，与新的敌人展开殊死壮绝的战斗。最强对最强，生存之战拉开序幕……