康熙皇帝（汤镇业饰）病重，国师求法得知真命皇后尚未出现，致令龙体违和，唯今之计是命人去未来寻得真凤皇后与康熙匹配，皇上方能得救，此任务交予韦小宝（梁朝伟饰）执行，小宝遂乘坐罗刹国之高科技结晶——穿梭古
故事发生在位于关东南部的川神市，春天来临，万物复苏，平凡的少年直江大和（神谷浩史 配音）来到了川神学园，准备在这里开始全新的校园生活。刚刚开学，校园里是一副欣欣向荣的热闹景象，在这里，大和会遇见怎样有趣的伙伴，又会发生怎样有趣的故事呢？ 活泼开朗，古灵精怪的川神百代（浅川悠 配音）、四肢发达，头脑简单的川神一子（友永朱音 配音）、温文尔雅，温柔大方的黛由纪江（后藤邑子 配音）、外冷内热，坚强韧性的椎名京（冰青 配音），心高气傲，绝不认输的克丽丝蒂安妮·弗里德里希（伊藤静 配音），围绕在大和身边的，正是这些性格迥异但同样善良正直的美少女们。
面对新的曲折感，场景之间的故事围绕着在“神圣毁灭者”和瓦特拉之间的战斗中获胜的古城和雪菜展开。尽管这座古城已经将女神岛视为自己的“夜帝国”，并成为了一个重要的岛屿统治者，但它的日常生活与以前保持不变。
