2013年,一名来台湾学习旅行的女高中生肖兴喜被一种名为“进化入侵者”的突然怪物袭击。当军队完全无用时,神秘人作为超国家机构“DOGOO”的代理人出现在他们面前,继承了“伟大的灵魂”,并利用这一权力与“E基因持有者”作战。传奇海盗Gol D.Roger在去世前留下了关于他一生财富“海贼王”的消息,这导致了众多海盗的崛起,他们争夺这一传奇的巨额财富。各种力量和政权不断交替,整个世界进入了动荡和混乱“海盗时代。