最近，学校成立了一个新的“From Education Department”，以培养配得上完美小姐的管家和女佣。日野秋原通过了考试，成为了校园里的一名新生。由于长相怪异，眼神凶狠，秋晴在校园里被视为局外人。让他没有想到的是，在这里，他意外地与儿时的玩伴富美彩晶（川口亚子配音）重聚。正是这个性格非常阴暗的天真女孩，给秋晴的童年记忆造成了不可磨灭的创伤。这次意外的重聚是否意味着秋晴的噩梦还会继续？
季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。
在水族馆打工的透遇到了比他年纪大气质不一般的美女中村渚（伊藤步 饰），对其一见钟情。因为一次偶然，透和晓、哲雄等人去听了一场极受欢迎的Hip-Hop 的演唱会。乐队的主唱良间凉太（玉山铁二 饰）更是万人迷般的存在。在演出现场，透又再次看到了渚。被Hip-Hop吸引的三人，或者说为了女生想耍帅的三人，决定自己组建乐队，把其命名为“098”。 098乐队的组建正好赶上了一场乐队比赛，但结果却不如人意。失落的透又得知了心仪的美女渚就是万人迷凉太的女友。而这时哲雄也面临着升学的压力，被父亲要求离开乐队。098面临着解散的危机，究竟何去何从……
