东京峰会即将举行，为了确保会议的顺利进行，日本警方部署了约2万名警察，对位于东京湾的超大型设施“海洋边缘”进行安保工作。在严密的预防和控制下，这里已经发生了爆炸。令柯南和其他人惊讶的是，现场留下了对毛利小五郎（也由小山利配音）极为不利的证据。
就快放暑假了，小学生上原康一在放学回家的路上捡到一块大石头。他把石头带回了家，没想到用水一洗，里面竟跳出一只小河童来。小河童对他“咕”的叫了一声，于是康一就给它取名为“小咕”。 小咕会说人类的语言，几百年来他一直被埋在在地下。
巴顿财团利用前OZ统帅杜鲁斯之女作傀儡领袖成立军队，以新建之殖民地X18999为基地，同时胁持担任地球外交官的莉莉娜作人质，企图实行第二次流星作战。希洛等人进入殖民地化解危机并把高达取回作战。
