1年9班消失不见,朝比奈学姐视其形同路人,甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面,而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时,只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希,一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中,阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚,握有连接两个绝然不同世界的钥匙,他面临着重大的选择……
一个废弃的神社——这就是玉英提到的住所。奈奈生有意识地爱上了它,但没有其他地方可去。更让她惊讶的是,玉英实际上是神社的土地神,而现在,土地神的头衔自然也随着住所转移到了乃乃生的头上。莫名其妙的是,她成了土地之神,在她身边出现了称她为“主人”的神使巴卫(李华深之配音)。奈生还没来得及弄清楚情况,各种可爱调皮的神就纷纷降临到她身上。