《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。
在《绝对零预防犯罪2》的开头，井上一树饰演的泽村一树的任务是“犯罪搜查系统的实用性”。该系统将分析公民的所有个人信息和国家监视器返回的图像。本季的故事将从官邸被释放进入紧急状态的场景开始，在涩谷、新宿和下关等地设置了最高级别的爆炸物，时间线将在几个月前拉开。参与搜查的本田毅饰演的小田彻进入正在搜查爆炸物的房间，发现泽村一彦饰演的井上持枪并流下了眼泪。在他面前的是一名被枪杀的妇女。
在很久以后的未来，地面已经被污染到无法生存的程度，人类开始朝地底开发，并创造人工生命体代为劳动，没想到人工生命体反抗了人类接管了地底世界，而因为过度污染与新型态的病毒感染，原已所剩无几的人类又减损了近30%的人口，此时的人类以基因改造获得了长生，相对的也面对了自此失去生育能力的窘境，创造新生命成为人类世界复苏的关键。为了找寻失落的基因密码──“繁衍”，人类望向了曾经开发的地底世界开启了探索任务，同时因学生人数骤减而被舞蹈教室裁员的碰太，参加了地底任务的征选成为了被派往地底的英雄，只身前往充满未知恐惧的地底世界，惊人的地底探险就此开始……
