在参拜母亲坟墓的回程中,真嗣(绪方惠美配音)和川上隆(宫村洋子配音)遭到了第七使徒的袭击。在关键时刻,第二架飞机被强大的力量击败,真嗣也遇到了第二架机器的操作员Shibo Akira Langley(由宫村洋子配音)。
21世纪初,人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上,仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆,前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败,人类只得再度返回地球。
在东京宁静的角落里,有一个幸福的三口之家。现在,这个家庭迎来了新的生活。小君,一个爱撒娇的儿子,迎来了他刚出生的妹妹。他感觉到父母对他的爱被妹妹带走了,当小军在院子里遇到来自“未来”的妹妹并踏上穿越时间的旅程时,他很生气。