故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界,武力的最高境界从使用利剑,转而到使用魔法,继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮,是个完全不会使用枪械,只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”,顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天,拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花,竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中,一场学园动作奇幻大作就此开始。
柯南、小兰等人理所当然也接到邀请,甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝,双方的对决悄悄展开。另一方面,恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久,红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所,并盗走一种致命的病毒。 本片根据青山刚昌的同名漫画改编,是该动画的第14部剧场版。