《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
故事从一个名叫“濑户一木”的普通高中男孩的角度展开，他崇拜校园女神“植木一树”。暗恋伊子的一木，脑子里总是有各种妄想，但表面上对伊子很冷漠。在一次机会下，两人终于消除了误会，两人之间的距离逐渐拉近
“不会捡到‘这样的东西’……。” 虽然变身成魔法少女，却对于变身后的装束泳装无论如何都没法习惯的柚华。 究竟柚华接受魔法少女的那一天会不会到来呢！？
