在他的葬礼当晚,一名神秘女子拜访了因病去世的大学教授平川诚司(小田贤二饰)的妻子,但没有人。之后,广川大学的校长也突然去世,新校长的选举引发了一系列的怀疑和矛盾。奇怪的事情变得越来越普遍,甚至在周围的垃圾堆里发现了尸体。
季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。