一天,致力于研究化学中神秘物质X的Kazuki博士与他的助手和儿子Ken一起发现了一种新物质Z。这种物质在东京发射白光和黑光。这道白光击中了三个女孩,Aki Mura、Haodeshi Mura和Matsuhara Mura,她们是初中一年级的学生。结果,三名飞行女警官诞生了!!与此同时,黑光袭击了东京动物园。猴子山上的一只猴子成了飞行女警察的敌人。女警察将如何保卫这座城市
动画在地球的舞台上展开,地球被神秘的外星人德拉克特和几乎所有的人类摧毁了。过去,Ikesia的居民过着普通的生活,对被抹去的毁灭之日的记忆一无所知。Ikesia是人类躲避外星人的避难所。