“新生篇章”的内容延续自第24集的内容:在第17使徒被消灭后,SEELE向NERV发出命令,要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而,秀吉并不同意SEELE的做法,并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为,并决定彻底消灭NERV。黎明时分,NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击,他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机,葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机,并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上,Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
時はクイーンズブレイドが、流浪の戦士レイナの優勝で終わった頃。 宮廷魔術師の一人アリシアは、魔術の鍛錬中に出現した次元の扉から、出てきたウサギに引き込まれ 別次元「メルフェアランド」へと迷い込んでしまう。
在这个世界上,有着能将妖精作为兵器所操使的“妖精兵”存在。战争结束后,他们结束了使命、失去了容身之处。战争后那不稳定的政局,因战争受到伤害的过去的犯罪者出现了,他们为了复仇而发动了恐怖袭击。