身负重伤的斗牙王用天生牙救活被猛丸杀死的爱人，随即与猛丸展开决战。恶战之后，斗牙王生命将终，他命冥加将天生牙和铁碎牙分别赐予杀生丸和犬夜叉，而拥有邪恶强大力量的丛云牙则被永久封印。 数百年后，丛云牙通过食骨井来到现代，并摆脱了封印的束缚。它先控制犬夜叉的身心，回到战国时代与杀生丸展开一番恶战。危难之际，戈薇的力量使丛云牙被迫离开犬夜叉的身体。但它很快又找到新的替身，并且将已化作白骨的刹那猛丸重新召唤回人间，向斗牙王的两个儿子展开报复……
故事发生在一个魔法存在的世界里。在这里，魔法只出现在年轻女孩身上，随着年龄的增长，这种魔法逐渐减弱，直到消失。随着时代的发展和技术的进步，女孩的神秘力量得到了越来越多的关注和利用，这些天真无邪的女孩开始活跃在各个行业的前沿。
而到了海底，胖虎和小夫却想总想着去幽灵船寻宝，结果遇到了危险，大家也意外发现海底居然也居住着人类。进而发现亚特兰提斯和姆联邦这两个国家争相进行军备竞赛，得知亚特兰提斯预备发射鬼角弹的事，如果亚特兰提斯发射鬼角弹，那么全世界都会毁灭，因此为了阻止鬼角弹发射，大雄他们决定去亚特兰提斯的百慕大海域阻止这个阴谋。勇敢的少年们能拯救地球吗？ 本片是哆啦A梦剧场版系列的第四部。
