之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子 配音）的帮助下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一起，决心破解四膳守的阴谋。
兰堂梨乃（田村由香里 配音）是刚刚转来宫神学园的转校生，哪知道竟然在误打误撞之中被选中成为了极上生徒会的书记。含着金汤匙出生的会长神宫司奏（生天目仁美 配音）、肩负着沉重家族使命，辅佐神宫家的副会长金城奈奈穗（野田顺子 配音）、身份背景身份神秘，为某情报部门工作的银河久远（清水香里 配音）、每天都因为学校财政吃紧而头疼的会计市川真由良（泽城美雪 配音），和兰堂一起学习工作的，是这些可爱的女孩子们。
根据安通信老板的指示，东本武（佐藤宏饰演）、大江和谷冈开始对爆炸主谋进行正式调查。
