世界受“魔甲虫”威胁,大地遭其占据,人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司,是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而,如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天,彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——?由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击,现在启动
在未来的某一天,一对男女Retro(山口胜平 配音)和Pandy(本田贵子 配音)在一片荒野中醒来,却发现自己不但赤身裸体而且丧失了记忆。二人来到了东京闹市中肆意抢劫衣服和食物,经过一番大战后,两人被捕,并被投放到月球上的监狱“Dead Leaves”。 经过一段短暂的禁闭生活后,他们发现这座监狱是一所克隆工厂。两个看守员随意杀害克隆人,于是Retro和Pandy萌生了越狱的念头。Retro和Pandy轻而易举地解开了身上的锁,更不可思议的是,他们居然对这座监狱了如指掌。他们的真实身份究竟是什么?
然而,这一次,有七名被选中的战士,这意味着无拘无束、外向的Nachetanya(由Niri Yoshiko配音)、冷漠沉默寡言的Flemi(由Ukiki配音)、强壮的Mora(由Rina Sato配音)、高度聪明的Hans(由铃木贤一配音)和傲慢毒舌的Teamoto(由Ayi Kazuma配音)在这些人中,有一个叛徒,成熟稳重的戈尔多夫(Aung Hui Nesan配音)和胆小的洛洛尼亚(Shouko Kim配音)。