在他无爱的那一刻,一种名为“单位”的神秘生物寄生在他身上。被“单位”寄生的人最终会失去人格,成为人肉机器。然而,由于某种原因,永磁并没有完全机械化。为了保护存在于他灵魂深处的自我意识,他一次又一次地与真人机器人作战。
主人公与同伴为了确认这一传言是否属实,不料被拉进了异空间,在那里被称为暗影的怪物袭击,与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系,以及避免其他人被卷入该事件,他们组成了特别搜查队展开了战斗。
曾经,小林三平(喜多村英梨 配音)和一位少女有着一个浪漫的约定,一晃眼十年过去,虽然两人此刻早已天各一方,但小林从未忘记过这段美好的回忆,并且时刻希望能够再度获得这位少女的音信。