地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
与此同时，双胞胎连环杀人事件接连发生，姐妹俩陷入了一个黑暗血腥的谜团；单向街：一位离异的记者带着年幼的女儿去郊区采访一位科幻小说家。随着神秘极光的出现，这位记者似乎进入了一条时间隧道，坠入了一个平行的世界；美丽的护士小璐来到某精神病院工作，那里有各种行为怪异的病人，医院背后也隐藏着令人震惊的秘密
宿命的相逢之后，佐佐木小次郎（鶴田浩二 饰）苦练技艺，一心打败宫本武藏（三船敏郎 饰）。这之后，小次郎来至江户谋求官职，期间与同在江户的武藏邂逅，两人约定东门决斗。然决斗前夜，武藏致信请求将决斗延期一年。
